นิการากัวเป็นป่าฝนที่ใหญ่ที่สุดแห่งหนึ่งในอเมริกากลาง

ป่าขนาด 865,000 เอเคอร์ส่วนใหญ่ปกคลุมด้วยต้นไม้หนาแน่นสูง 25 ถึง 35 เมตร โดยบางต้นถึง 50 เมตร จึงไม่สามารถเข้าถึงได้ง่าย นักวิจัยต้องบินด้วยเฮลิคอปเตอร์และได้รับการคุ้มครองโดยทหารติดอาวุธ ใบไม้นั้นหนามากจนต้องเจาะด้วยมีดแมเชเท บริเวณนี้ยังประกอบด้วยพื้นที่อนุรักษ์ที่ใหญ่ที่สุดในฮอนดูรัสและเว็บไซต์ยูเนสโกมรดกโลก

นอกเหนือจากที่อยู่อาศัยของสัตว์ป่าจำนวนมากแล้ว La Mosquitia ยังเป็นตัวดูดซับก๊าซเรือนกระจกที่สำคัญอีกด้วย อย่างไรก็ตาม ภูมิภาคนี้ถูกคุกคามจากการค้าสัตว์และการตัดไม้ทำลายป่า โดย 90% ของความเสียหายในป่าฝนเกิดจากการเลี้ยงปศุสัตว์อย่างผิดกฎหมาย ซึ่งได้รับแรงหนุนจากการค้ายาเสพติดในภูมิภาคด้วยเช่นกัน ในความพยายามที่จะรักษาพื้นที่ ป่าดงดิบได้รับการปกป้องและลาดตระเวนบางส่วนโดยกองทัพฮอนดูรัส ในปี 2018 รัฐบาลได้เปิดตัวโครงการเพื่อปกป้องทั้งป่าไม้และซากเมืองโบราณ ซึ่งยังคงไม่มีใครแตะต้องและไม่ถูกปล้นสะดมมาหลายชั่วอายุคน ซึ่งเป็นสิ่งผิดปกติสำหรับโบราณสถานในอเมริกากลาง